KARAKTERISASI IN SILICO ANGGREK ALAM LERENG SELATAN GUNUNG MERAPI, KABUPATEN SLEMAN, D.I. YOGYAKARTA

            BiOSC merupakan salah satu kelompok studi yang memprakarsai pembelajaran mengenai anggrek. Cakupan anggrek yang begitu luas, dapat digunakan untuk pembuatan penelitian, salah satunya melalui Pekan Kreatifitas Mahasiswa-Penelitian (PKM-P) yang dilaksanakan setiap taunnya di Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada. Penelitian yang dilakukan dapat berupa “Karakterisasi In Silico Anggrek Alam Lereng Selatan Gunung Merapi, Kabupaten Sleman, D.I.Yogyakarta”, yang dilakukan oleh lima orang anggota BioSc, meliputi Defika Ina Ferdiani, Johan Saputra Koenjana, Indah Nuraini, dan Fera Lestyana Devi.  

            Penelitian ini didasarkan karena Indonesia menjadi salah satu sumber biodiversitas tropis, anggrek di Indonesia mencapai ±6000 dari ±30000 spesies anggrek di dunia. Di wilayah Yogyakarta tepatnya Gunung Merapi, anggrek alam mencapai ±60 spesies. Adanya erupsi merapi telah meluluhlantahkan biodiversitas anggrek, sehingga perlu ada usaha pembuatan database anggrek alam di Gunung Merapi dengan pembuatan bar-coding DNA dan analisis secara in silico. Barcode dapat digunakan sebagai penanda molekular sehingga secara fisik dapat membantu dalam analisis gen (Guzhov, 1989). PCR menjadi salah satu pilihan marka DNA yang berprinsip pada reaksi rantai polymerase (Azrai, 2006).  Selain itu, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), dengan desain primer khusus pada daerah kloroplas pada genom tanaman dapat menunjukkan adanya perbedaan susunan molekul DNA pada lokus tertentu (Weising et al., 2005).

            Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan struktur DNA pada daerah intergena kloroplas anggrek dengan teknik Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) dan mengidentifikasi secara molekular jenis tanaman anggrek secara in silico pada daerah intergena kloroplas anggrek. Dalam penelitian ini dilakukan eksplorasi di Lereng Selatan Gunung Merapi Kabupaten Sleman D.I. Yogyakarta, serta dilakukan identifikasi secara morfologi dan molekular.

            Tahapan yang dilakukan dalam penelitian ini yaitu, koleksi tanaman yang dilakukan di Lereng Selatan Gunung Merapi, pemeliharaan anggrek alam yang didapatkan di Green House Laboratorium Bioteknologi, Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada, dilanjutkan dengan pengambilan data morfologi, Isolasi DNA dari bagian trnL-F kloroplas daun, Amplifikasi DNA dengan PCR, dan pembutan bar-code DNA anggrek alam. Hasil dari penelitian ini yaitu :

Tabel 1. Deskripsi anggrek alam lereng selatan gunung merapi

No	Spesies	Deskripsi Morfologi					Pseudobulb
		Akar	Batang	Daun
		Tipe Akar	Tipe pertumbuhan	Tepi Daun	Bentuk Daun	Duduk Daun
1	Oberonia similis	Epifit	Simpodial	Rata	Segitiga memanjang	Bertunggangan	Tidak ada
2	Dendrobium crumenatum	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berseling	Ada
3	Liparis palviflora	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berseling	Ada
4	Dendrobium heterocarpum	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berseling	Ada
5	Dendrobium tetraedre	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berseling	Ada
6	Thrixpermum anceps	Epifit	Monopodial	Rata	Elips	Berseling	Tidak ada
7	Coelogyne speciosa	Epifit	Simpodial	Bergelombang	Elips	Muncul langsung dari pseudobulb	Ada
8	Appendicula reflexa	Epifit	Simpodial	Rata	Elips	Berseling	Tidak ada
9	Eria javanica	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berhadapan	Ada
10	Eria oblitterata	Epifit	Simpodial	Rata	Lanset	Berseling	Ada
11	Pholidota ventricosa	Epifit/Litofit	Simpodial	Rata	Elips memanjang	Berhadapan	Ada

Gambar 1. Pola pita DNA hasil PCR

Gambar 2. DNA alligment anggrek alam Merapi pada intergena trnL-F

Gambar 3. Ringkasan barcode nggrek alam Lereng Selatan Gunung Merapi

Gambar 4. Pohon filogenetik anggrek alam Lereng Selatan Gunung Merapi

Gambar 5. Pohon filogenetik anggrek alam Lereng Selatan Merapi dibandingkan dengan                     anggrek lainnya

 

            Bedasarkan tabel dan pohon filogenetik yang telah dibuat, diketahui bahwa clade yang paling dekat adalah Eria oblitterata dan Eria javanica dengan persentase kemiripan morfologi yaitu sebesar 80% dan sekuen trnL-F 90,7%. Persentase tersebut menunjukkan bahwa kedua spesies tersebut memiliki kekerabatan yang paling dekat. Persentase kemiripan morfologi diperoleh dari beberapa kriteria, yaitu; tipe pembungaan, arah pertumbuhan batang, bentuk batang, bentuk daun, tepi daun, warna daun, ketebalan daun, tepi daun, ujung daun, bentuk akar, dan cara hidup.

            Berdasarkan gambar 3, dapat diketahui anggrek memiliki kesamaan karakter molekuler pada daerah conserve. Karakter molekuler menentukan karakter morfologi. Pada penelitian ini yang diamati yaitu daerah intergena anggrek sebagai marka fisik tanaman anggrek. Perbedaan karakter molekuler dapat diketahui melalui karakter morfologi. Selain memiliki daerah conserve yang dimiliki oleh anggrek secara umum, terdapat pula daerah spesifik yang hanya dimiliki oleh jenis-jenis anggrek tertentu.