BiOSC merupakan salah
satu kelompok studi yang memprakarsai pembelajaran mengenai anggrek. Cakupan
anggrek yang begitu luas, dapat digunakan untuk pembuatan penelitian, salah
satunya melalui Pekan Kreatifitas Mahasiswa-Penelitian (PKM-P) yang
dilaksanakan setiap taunnya di Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada.
Penelitian yang dilakukan dapat berupa “Karakterisasi In Silico Anggrek Alam
Lereng Selatan Gunung Merapi, Kabupaten Sleman, D.I.Yogyakarta”, yang dilakukan
oleh lima orang anggota BioSc, meliputi Defika Ina Ferdiani, Johan Saputra
Koenjana, Indah Nuraini, dan Fera Lestyana Devi.
Penelitian ini didasarkan
karena Indonesia menjadi salah satu sumber biodiversitas tropis, anggrek di
Indonesia mencapai ±6000 dari ±30000 spesies anggrek di dunia. Di wilayah
Yogyakarta tepatnya Gunung Merapi, anggrek alam mencapai ±60 spesies. Adanya
erupsi merapi telah meluluhlantahkan biodiversitas anggrek, sehingga perlu ada
usaha pembuatan database anggrek alam di Gunung Merapi dengan pembuatan bar-coding DNA dan analisis secara in
silico. Barcode dapat digunakan
sebagai penanda molekular sehingga secara fisik dapat membantu dalam analisis
gen (Guzhov, 1989). PCR menjadi salah satu pilihan marka DNA yang
berprinsip pada reaksi rantai polymerase (Azrai, 2006). Selain itu,
Amplified Fragment Length
Polymorphism (AFLP), dengan
desain primer khusus pada daerah kloroplas pada genom tanaman dapat menunjukkan
adanya perbedaan susunan molekul DNA pada lokus tertentu (Weising et al.,
2005).
Penelitian
ini bertujuan untuk mengetahui perbedaan struktur DNA pada daerah intergena
kloroplas anggrek dengan teknik Amplified
Fragment Length Polymorphism (AFLP) dan mengidentifikasi secara molekular
jenis tanaman anggrek secara in silico pada daerah intergena kloroplas anggrek.
Dalam penelitian ini dilakukan eksplorasi di Lereng Selatan Gunung Merapi
Kabupaten Sleman D.I. Yogyakarta, serta dilakukan identifikasi secara morfologi
dan molekular.
Tahapan yang dilakukan
dalam penelitian ini yaitu, koleksi tanaman yang dilakukan di Lereng Selatan
Gunung Merapi, pemeliharaan anggrek alam yang didapatkan di Green House Laboratorium
Bioteknologi, Fakultas Biologi Universitas Gadjah Mada, dilanjutkan dengan
pengambilan data morfologi, Isolasi DNA dari bagian trnL-F kloroplas daun,
Amplifikasi DNA dengan PCR, dan pembutan bar-code
DNA anggrek alam. Hasil dari penelitian ini yaitu :
Tabel 1. Deskripsi anggrek alam lereng selatan gunung merapi
|
No
|
Spesies
|
Deskripsi Morfologi
|
Pseudobulb
|
||||
|
Akar
|
Batang
|
Daun
|
|||||
|
Tipe Akar
|
Tipe pertumbuhan
|
Tepi Daun
|
Bentuk Daun
|
Duduk Daun
|
|||
|
1
|
Oberonia similis
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Segitiga memanjang
|
Bertunggangan
|
Tidak ada
|
|
2
|
Dendrobium crumenatum
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berseling
|
Ada
|
|
3
|
Liparis palviflora
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berseling
|
Ada
|
|
4
|
Dendrobium heterocarpum
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berseling
|
Ada
|
|
5
|
Dendrobium tetraedre
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berseling
|
Ada
|
|
6
|
Thrixpermum anceps
|
Epifit
|
Monopodial
|
Rata
|
Elips
|
Berseling
|
Tidak ada
|
|
7
|
Coelogyne speciosa
|
Epifit
|
Simpodial
|
Bergelombang
|
Elips
|
Muncul langsung dari pseudobulb
|
Ada
|
|
8
|
Appendicula reflexa
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Elips
|
Berseling
|
Tidak ada
|
|
9
|
Eria javanica
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berhadapan
|
Ada
|
|
10
|
Eria oblitterata
|
Epifit
|
Simpodial
|
Rata
|
Lanset
|
Berseling
|
Ada
|
|
11
|
Pholidota ventricosa
|
Epifit/Litofit
|
Simpodial
|
Rata
|
Elips memanjang
|
Berhadapan
|
Ada
|
 |
|
Gambar 1. Pola pita DNA hasil PCR
|
 |
|
Gambar 2. DNA
alligment anggrek alam Merapi pada intergena trnL-F
|
 |
|
Gambar 3. Ringkasan barcode nggrek alam Lereng Selatan Gunung Merapi
|
 |
|
Gambar 4. Pohon filogenetik anggrek alam
Lereng Selatan Gunung Merapi
|
 |
|
Gambar 5. Pohon filogenetik anggrek alam
Lereng Selatan Merapi dibandingkan dengan anggrek lainnya
 |
|
|
|
Bedasarkan tabel dan pohon
filogenetik yang telah dibuat, diketahui bahwa clade yang paling dekat
adalah Eria oblitterata dan Eria javanica dengan persentase
kemiripan morfologi yaitu sebesar 80% dan sekuen trnL-F 90,7%. Persentase
tersebut menunjukkan bahwa kedua spesies tersebut memiliki kekerabatan yang
paling dekat. Persentase kemiripan morfologi diperoleh dari beberapa kriteria,
yaitu; tipe pembungaan, arah pertumbuhan batang, bentuk batang, bentuk daun,
tepi daun, warna daun, ketebalan daun, tepi daun, ujung daun, bentuk akar, dan
cara hidup.
Berdasarkan gambar 3, dapat
diketahui anggrek memiliki kesamaan karakter molekuler pada daerah conserve.
Karakter molekuler menentukan karakter morfologi. Pada penelitian ini yang
diamati yaitu daerah intergena anggrek sebagai marka fisik tanaman anggrek.
Perbedaan karakter molekuler dapat diketahui melalui karakter morfologi. Selain
memiliki daerah conserve yang dimiliki oleh anggrek secara umum,
terdapat pula daerah spesifik yang hanya dimiliki oleh jenis-jenis anggrek
tertentu.
